Для реализации образовательного процесса в филиале Нахимовского военно-морского училища в г. Калининграде предусмотрены учебные помещения общеразвивающего цикла, включающие в себя: учебные классы; специализированные кабинеты; лингафонные кабинеты; кабинеты технологии; кабинеты дополнительного образования.
Обучение проходит в оборудованных по последнему слову техники учебных кабинетах. Каждый класс обеспечен интерактивной панелью с подключением к персональному компьютеру преподавателя, предусмотрен телевизор.
Лингафонные кабинеты и кабинеты иностранного языка рассчитаны на группы по 10 человек. Лингафонные кабинеты оборудованы специальными одноместными компьютеризированными местами, обеспечивающими индивидуальный подход к изучению языка.
В кабинетах информатики предусмотрены индивидуальные места для занятий, каждая парта оборудована персональным компьютером, подключенным к сети.
Два кабинета технологии являются мастерскими, оснащены необходимым инструментом и оборудованием, позволяющим проводить ручную обработку конструкционных материалов, машинную обработку древесины и металлов, обработку материалов на станках ЧПУ (лазерный, фрезерный, токарный), 3D-моделирование и изготовление объектов 3D-печати.
Специализированные кабинеты (физика, химия, биология) комплектуются лабораториями и лаборантскими, расположены они единым блоком. Лаборантские предназначены для хранения пособий, реактивов, предварительной подготовки к лабораторным работам. Всего оборудовано два кабинета физики, лаборатория физики, один кабинет химии, одна лаборатория химии, кабинет биологии, лаборатория биологии.
В рамках дополнительного образования нахимовцы могут реализовать свои способности, занимаясь в кабинетах авиасудомоделирования, акваробототехники, автодела с тренажерами автомобиля «Тойота», «КАМАЗ», «ВАЗ-2110».
Навыки профессии военно-морского офицера нахимовцы приобретают в кабинетах основ военно-морской подготовки, навигационной прокладки, в тренажерном кабинете подготовки судоводителей маломерного судна, в тренажерном кабинете морской практики и такелажной подготовки.
Попробовать свои силы в фото- и видеосъёмке позволяет оборудованная по современным стандартам фото- и телестудия.
Воспитанники филиала Нахимовского военно-морского училища в г. Калининграде имеют возможность развивать свои способности, занимаясь в хоровой или хореографической студии, совершенствовать свои способности, принимая участие в выступлениях оркестра.
Блок психолого-педагогической работы представлен кабинетами: психологической разгрузки, индивидуальной работы психолога, групповой психологической работы, кабинетом профориентации и психодиагностики.
Библиотека представляет собой комплекс помещений, включающий в себя книгохранилище, читальный зал и электронный читальный зал. Книгохранилище основного фонда, содержащее упорядоченные коллекции учебников, имеет вместимость 35 000 тысяч единиц хранения и оборудовано передвижными стеллажами. Электронный читальный зал снабжён средствами навигации и поиска.
На первом этаже учебного корпуса расположен музей филиала Нахимовского военно-морского училища в г. Калининграде.